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O elevado grau de preservação da floresta permite a manutenção de uma rica herpetofauna, registrando a ocorrência de 40 espécies de répteis.
O lagarto-teiu é o maior e mais abundante habitante do chão nas matas e o calango também escala as árvores. Comumente se encontram serpentes como a caninana, a cobra-cipó, a dormideira, a cobra-d'água e a muçurana. Das venenosas destacam-se a coral verdadeira e a jararaca, responsável pela maioria dos acidentes ofídicos na região, e a jararacuçu que alcança grande porte.
O cágado habita os rios pedregosos e a perfeita camuflagem da carapaça dificulta sua localização e se encontram muitas espécies de lagartos e serpentes ainda não descritas cientificamente
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